Museet fik
højeste anerkendelse i 1996, da Hans Kongelige Højhed
Prinsgemalen
gav tilsagn om at ville være museets protektor, og museet har siden
1996 været associeret medlem af Museum Sønderjylland, hvor museet
deltager aktivt i det fælles arbejde for museerne i Sønderjylland.
Ved Hans Kongelige Højhed Prins Henriks død den 13. februar 2018 bortfaldt Kongehusets protektion af FN Museet.
